Расположен на юго-востоке страны, вблизи границы с Пакистаном и Афганистаном (место пересечения границ трёх государств находится в 41 км к северу от города). Захедан находится в 1605 км к юго-востоку от столицы страны, города Тегеран, на высоте 1352 м над уровнем моря. Климат — засушливый, с жарким летом и довольно прохладной зимой. Годовая норма осадков составляет всего около 80 мм; почти все они выпадают в период с декабря по апрель.