Могу сказать по Египту...что если едешь до 14 дней, то выгоднее путевкой, если 3-4 недели и больше - то выгоднее самостоятельно.
Билеты лучше приобретать через интернет или компании в Египте, в частности на самих курортах, куда едите. Так как всегда выгоднее покупать в той стране, куда едите. На чартер - садят без проблем, если пребывание до 30 дней. Если больше - то тоже за доплату могут посадить, это надо выяснить заранее. А так - билеты всегда есть в продаже.
В самостоятельных путешествиях конечно выгодно размещаться не в отелях, а в квартирах, на виллах и т.д. Есть такие варианты и на территории отелей.
Экскурсии приобретаются у проверенных (сарафанное радио, друзья ездили) местных туристических компаний, чтобы была страховка и лицензия. Мы ездим с Osheen tours в Хургаде, но ездим по всему Египту. Когда то даже через них отель резервировали. Ездили и в круиз по Нилу, и Израиль, Абу Симбел само собой. Трансферы как правило включены уже и заберут вас как из отеля, так и из квартиры, не важно, просто договоритесь об определенном месте и все.
Питание, можно купить продуктов в супермаркете и готовить дома, можно в кафе и ресторанчиках, благо их большое кол-во.
Интернет - можно купить местную симкарту как для звонков, так и только для интернета. Можно флеш-юсб для ноутбука.
Лучше брать с собой доллары, виза карту. Доллары меняются на местные фунты - ибо так выгоднее, обменников в городе на ул.Шератон много, также есть на территории отелей отделения банков, и можно через банкоматы по курсу банка (но выдается сумма кратная 5 фунтам, мелочь-железо банкомат не выдает). Банкоматы по всему курорту. Если у вас остались фунты - можно в обменниках в центре города их обменять обратно на доллары. Виза-карта - она действует во всех крупных супермаркетах, некоторых ресторанах и кафе, но не везде, заранее спрашивайте. За экскурсии выгоднее тоже в валюте расплачиваться, хотя можно и фунтами.