2-й Институтский переулок находится в Центральном районе города Челябинска. Улица пролегает с севера на юг, параллельно 1-му Институтскому переулку, начинается от улицы Коммуны, а заканчивается на пересечении с проспектом Ленина. Общая протяженность улицы составляет 230 метров. На улице нет остановок общественного транспорта. Жилая застройка 2-го Институтского переулка представлена несколькими среднеэтажными многоквартирными домами. Также здесь находится университетский комплекс «Сигма», который занимается подготовкой кадров в области экономики.