Троице-Сыпанов Пахомиево-Нерехтский женский монастырь был построен во второй половине XIV века по указу преподобного Пахомия Нерехтского. Практически до конца XVII века все постройки скита были деревянными. Главными строениями всего ансамбля являются два храма. Один из них посвящен Животворящей Троице, а другой – освящен в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
В 1675-1676 годах вместо старой деревянной церкви построили новый пятиглавый, бесстолпный, трехапсидный Троицкий собор. Теплая Покровская церковь строилась на территории монастыря в 1679-1686 годах, в 1683-1684 годах к храму была пристроена шатровая колокольня, в 1676-1689 годах – игуменская келья и жилища для братьев, Святые ворота, большая часть ограды и некоторые хозяйственные постройки.
К концу XVII века обитель уже сформировалась как практически полностью сформированный каменный ансамбль, который относится к эпохе расцвета самобытного русского зодчества.
