Alexorno

Если не на арендованной машине - тогда только на такси или частнике. Такси, вроде бы, не так дороги. Хотя, смотря где находитесь, т.к. Дворец от Ираклиона не близок.
Есть ещё вариант - ходят экскурсионные автобусы из Ираклиона.

Поселок Агия Апостоли - отели не знаю, проезжали - вроде бы что-то было.

Так и есть на самом деле, но вы приехали во время сиесты - не все подошли :)

По опыту могу сказать - безопасно арендовать машину где угодно - у любой компании - нужно читать договор (и что мелким шрифтом написано тоже), требовать, чтоб он был составлен на английском языке (на русском требовать глупо), и на греческом (ну ведь их же родной язык).
Опять же - никакая, повторюсь, НИКАКАЯ страховая не возмещает там ущерб, причинённый машине на бездорожье. Съедите с асфальта - пеняйте на себя. Случается всё что угодно - прокол колеса, пробив картера... Но, надеюсь, до этого не дойдёт.
Сам город Ретимно маленький, его можно за час обойти весь, поэтому не стремитесь взять машину рядом с отелем - иногда разница весьма ощутима.
В своё время, отойдя от своего отеля мы взяли машину Пежо 308 по цене почти в два раза меньшей, чем у других рентакаров. Торгуйтесь до последнего - так принято. Мы выторговали бесплатно: русский аудиогид по острову (воспользовались всего 2 раза, но очень пригодился), бустер для ребёнка, пляжный зонт-тент. Проверяйте машину сами всю - как что работает, кондиционер тоже. Желательно фотографировать авто на приёмке и показывать хозяину проблемные места. Фото при сдаче авто пригодятся.
Стоянки на момент нашего пребывания были бесплатные, но ставить желательно, чтоб полиция не выписала штраф за неправильную парковку (бывает, поздно вечером ходят).
Если случайно заедете не туда (хотя смотря как и смотря на сколько) обычно могут пожурить, но если будете улыбаться в 32 зуба и спрашивать как проехать до нужного места - объяснят и могут даже проводить, если им по пути.