Спасо-Онуфриев скит был основан в 1471 году. Ранее его именовали Мальским Спасо-Рождественским монастырем или Онуфриева пустынь в честь преподобного Онуфия, который и основал его в XV столетии. Сегодня он является архитектурным памятником XVI века.

В монастыре служат около 15 монахов. Храм огражден оградой из бревен, на территории расположены дом игумена, житницы, амбар, коровники и другие хозяйственные постройки. За забором расположены сады и огороды.

При храме работали две церкви: Спасо- Рождественская и Трапезная. Трехэтажная трапезная в монастыре построена из камня и служила и храмом, и столовой, и жильем.

В 1581 году монастырь разрушили, а монах убили войска короля Батория. Лишь в 1675 году обитель возрождается. А в 1710 году святыня вновь разорена шведами. В 1730 году императрица Анна Иоанновна отдает приказ о восстановлении. В 1764 монастырь упразднили, открыли приход, который назвали Мальским погостом. В 2000 году развалины храма были переданы Псково-Печорскому монастырю для восстановления.