Ученые не пришли к единому мнению по вопросу разрушения храма Серапеум. Существует несколько предположений.
Согласно первому, Александрия в IV веке находилась под влиянием патриарха Теофила. Император того времени Феодосий I вел непримиримую борьбу с язычниками, запрещая все религиозные обряды, кроме христианских, публичные жертвоприношения, закрывая храмы. Он, фактически, разжигал ненависть между язычниками и христианами. После его декрета 391 года на месте исчезающих языческих строений повсеместно возникали христианские церкви.
Патриарху Теофилу отдали один из храмов Диониса, где он планировал открыть церковь. Во время ремонта были найдены тайные пещеры, это послужило толчком к нападению язычников на христиан. Те не медлили с ответом. Язычникам пришлось отступить и укрыться в храме Серапеум. Много христиан попало в плен, некоторые были принесены в жертву или сожжены заживо, остальные убиты.
Патриарх обратился к Феодосию I с просьбой о помиловании язычников и уничтожении всех языческих сооружений. Это и вызвало разрушение храма Александрии.
Также есть несколько отличающаяся от первой версия того, как был разрушен храм Серапеум. Все началось с закрытия митреума. Очевидно, христиане осквернили остатки святилища, что вызвало нападение язычников. Дальнейшее развитие событий как в первой версии.
Третья версия берет свое начало в трудах греческого историка 4 века Евнапия. Согласно ей, толпы христиан воспользовались военной хитростью и разрушили храм Александрии, разграбив его. Погибшие в этом сражении христиане возведены в сан мучеников и их останки упокоены в христианских храмах.
Александрия – город, богатый историческими находками. Поэтому во все времена он привлекал большое количество туристов, ученых, археологов из всех стран мира, и храм Серапеум – лишнее тому подтверждение.